расположен на правом берегу р. Б. Зеленчук, в среднем ее течении, близ пос. Н. Архыз, в 22 км к югу от станицы Зеленчукской (Карачаево-Черкесия). В X-XVI вв. эта территория принадлежала Аланской епархии, в 1590 г. вошла в состав Астраханской, затем Донской, Кавказской епархий РПЦ, с 1885 г.- Ставропольской епархии РПЦ. А.-А. З. м. основан на месте бывш. столицы Зап. Алании (X-XIII вв.) - резиденции Аланских митрополитов (X-XI вв.) (см. Нижнеархызское городище) по инициативе иером. Серафима (Титова), настоятеля Благовещенской кельи афонского Хиландарского мон-ря с 11 иноками, прибывшими с Афона в 1886/87 г. с целью восстановления христианства среди мусульман. Мон-рь учрежден по уставу мон-рей св. горы Афон указом Святейшего Синода от 18 окт. 1889 г. с наименованием Свято-Александро-Афонская Зеленчукская общежительная пустынь. Открытие мон-ря состоялось 12 нояб. 1889 г. освящением еп. Ставропольским Владимиром (Петровым) главного («среднего») храма обители во имя св. кн. Александра Невского, небесного покровителя имп. Александра II Николаевича и царствовавшего в те годы имп. Александра III Александровича. Игум. Серафим стал первым настоятелем и строителем мон-ря (1887-1903). В 1888 г. А.-А. З. м. был выделен участок земли 180 дес. под названием «Церковь». Штат обители в 1889 г. состоял из 4 иеромонахов, 1 иеродиакона, 6 монахов и 25 послушников, а также мастеров и чернорабочих (от 30 до 150 чел.). После перевода игум. Серафима в Борисоглебский на Устье мужской монастырь в А.-А. З. м. начались нестроения, закончившиеся назначением в него указом Святейшего Синода от 26 авг. 1903 г. архим. Ефрема (1903-1905). В 1905-1913 гг. мон-рем управлял иером. Зосима (Колтуков). Последним настоятелем был иером. Феофил (Чередниченко).
Из построек древнего христ. города сохранились 3 храма средневизант. архитектуры X-XII вв: «северный», «средний» и «южный» зеленчукские храмы. В 1887 г. был восстановлен для богослужения (на походном антиминсе) «южный» храм. Реставрация «среднего» храма, при к-рой были уничтожены древние фрески визант. школы, была завершена к 1899 г. Бывш. кафедральный храм Аланских митрополитов («северный» храм во имя свт. Николая) оставался в руинах, сохраняя небольшие фрагменты визант. фресок с греч. надписями (на самой отчетливой из них прочитывалось: «Святой Николай, покровитель Аспе»). Трудами насельников из камней древних построек были сложены 3 двухэтажных и 3 одноэтажных корпуса, в к-рых разместились братские кельи, богадельня и иконописная мастерская, к 1904 г. построен большой двухэтажный каменный корпус странноприимного дома. В окрестностях мон-ря на отвесных склонах гор были устроены десятки келий. Мон-рю принадлежал Георгиевский скит на вершине г. Шоана в верховьях р. Кубани (в 3 км от г. Карачаевска, близ аула Хумара и сел. Коста Хетагурово); в 1891-1894 гг. в нем были сооружены кельи, каменная ограда, проведена дорога. 22 апр. 1895 г. после реставрации освящен во имя вмч. Георгия Победоносца Шоанинский храм XI в. С 1887 г. братия мон-ря восстанавливала храм X в. на Сентинской г. в ущелье р. Теберда, к-рый в 1893 г. был передан девичьей общине, основавшей там Спасо-Преображенский Сентинский жен. мон-рь. Почитаемыми святынями А.-А. З. м. были Гребневская икона Божией Матери - список с чудотворной иконы, находившейся в Москве в ц. Успения Богоматери на Лубянке (дар анонимного благотворителя в память скончавшегося воина Симеона), а также частицы мощей вмч. Георгия и мц. Марины, принесенные с Афона иноками, основавшими мон-рь.
После 1918 г. А.-А. З. м. и Георгиевский скит были закрыты, храмы разорены. В 30-х гг. в монастырских постройках разместилась детская колония, затем интернат для детей-сирот. Колокольня и часть монастырских стен были разрушены в годы Великой Отечественной войны. В 70-х гг. ХХ в. бывш. территория мон-ря со всеми сохранившимися постройками и охраняемым законом архитектурно-археологическим комплексом была передана на правах филиала Карачаево-Черкесскому музею краеведения (г. Черкесск), закончившему к сер. 80-х гг. реставрацию «северного» храма. К 2000 г. комплекс имеет статус Карачаевского историко-археологического заповедника. «Южный» зеленчукский храм передан Ставропольской и Владикавказской епархии РПЦ и освящен во имя прор. Илии, в нем возобновлены богослужения.